Electroforesis en gel

supongamos que aquí tenemos algunos tubos de ensayo y que en cada uno tenemos soluciones con fragmentos de adn pero qué pasa con los fragmentos de adn en el primer tubo y bueno tal vez me digan que simplemente hay que contarlos y tal vez si podríamos excepto porque son increíblemente pequeños y muy difíciles de manejar incluso si tuviéramos un fragmento grande de adn porque miren si por ejemplo tuviéramos algo de aproximadamente cinco mil pares de bases eso es aproximadamente 1 a 2 micrómetros de largo 1 a 2 micrómetros de largo si lo estiramos por completo y ni siquiera podemos imaginar lo pequeño que es su diámetro porque simplemente su longitud es de 1 a 2 micrómetros ese es un número muy pequeño es prácticamente una o dos milésimas de milímetro por eso no podemos tratar de manipularlo físicamente con nuestras manos o con alguna herramienta tosca entonces qué hacemos bueno aquí tenemos otras muestras pero como podemos conocer el tamaño de las cadenas de adn que tenemos en esas muestras bueno la técnica que usaremos es la electroforesis en gel que se puede usar para fragmentos de adn o de arn pero también se puede usar para proteínas y cualquier otra macro molecular para conocer el tamaño de los fragmentos entonces vamos a escribir electroforesis en gel y se le llama así porque involucra a un gel y carga eléctrica y la terminación forest is se refiere al hecho de que provocaremos que los fragmentos de adn me creen a través del gel al aplicar la carga eléctrica entonces la electroforesis se refiere a la migración o movimiento del adn y cómo hacemos esto bueno aquí tenemos nuestro sistema aquí tenemos un gel incrustado en una solución buffer o también conocida como solución amortiguador y el gel más utilizado para esto es la agarosa que es un polisacárido que se obtiene de las algas marinas y literalmente es un gel es un material gelatinoso entonces lo que haremos es que vamos a tomar un poco de estas muestras y vamos a colocarlas en estos pozos entonces vamos a tomar una muestra de este tubo y la ponemos aquí después podemos tomar una muestra de aquí y ponerla acá y esta la ponemos aquí y todas estas muestras se encuentran sumergidas en esta solución buffer o amortiguador a que prácticamente consiste en agua con un poco de sal la solución buffer nos ayudará a mantener el ph en un cierto rango mientras aplicamos una carga eléctrica porque si el ph se saliera del rango el sistema pasaría a ser muy ácido o muy básico y eso podría afectar el adn o incluso puede afectar la carga que recibe el adn ahora lo que haremos es que vamos a aplicar una carga al sistema del lado en el que se encuentran las muestras de adn vamos a colocar el electrodo negativo y del otro lado vamos a colocar el electrodo positivo vamos a usar de ventaja el hecho de que el adn tiene una carga negativa a peach es típicos porque miren en vídeos anteriores vimos que existen todas estas cargas negativas en el esqueleto de fosfato entonces qué pasará una vez que conectemos esto a una fuente de poder y este lado sea negativo y este sea positivo claro el adn empezará a migrar pero será que los fragmentos pequeños migrarán más lejos o serán los más largos bueno tal vez me digan que los fragmentos largos tendrán una carga más negativa así que tal vez lleguen más lejos pero también tenemos que recordar que tienen más masa así que la carga por masa será la misma sin importar la longitud así que lo que determina qué tan lejos llega un fragmento es decir cuánto migra en un cierto tiempo depende de qué tan pequeño es recuerden que aquí tenemos que la garrotxa actualmente muchas personas estudian el mecanismo exacto por el que el adn y otro tipo de macromoléculas migran a través del polisacárido pero bueno por ahora imaginen que éste polisacárido es como una malla por eso las cosas pequeñas pasarán más fácilmente que las grandes entonces si aplicamos la carga por un tiempo supongamos que este adn llega hasta acá y supongamos que bueno yo los estoy coloreando pero en la realidad no se ven así supongamos que este adn llega aquí no llega tan lejos y supongamos que un poco de este adn no llegó tan lejos y un poco llegó hasta aquí entonces si aplicamos la carga y esperamos un poco después de un tiempo supongamos que observamos esto ocurre esta migración y entre más tiempo esperemos más lejos llegarán los fragmentos incluso si esperamos muchos se pueden caer aquí pero supongamos que nos quedamos aquí así que podríamos suponer que en este fragmento deben de estar las moléculas más pequeñas de adn deben de ser las más cortas mientras que estas son un poco más largas y éstas han de ser más largas pero estos fragmentos son los más largos de todos así que aquí tenemos una mezcla de varios fragmentos largos y aquí todavía tenemos algunos pero no tan largos y aquí hay algunos fragmentos muy pequeños y lo que acabamos de hacer nos ayuda a saber la longitud relativa de esos fragmentos pero como las medidos bueno ahí es cuando entra en los marcadores de adn supongamos que aquí tenemos una solución estandarizada que nos servirá como marcador de adn esas generalmente se compran y vamos a suponer que la solución estandarizada se separa así un poco se queda aquí y otro poco llega hasta acá y otro poco hasta acá ahora de acuerdo a la solución que compramos sabemos que este grupo corresponde a 5000 pares de bases y supongamos que esta banda corresponde a 1500 pares de bases y supongamos que ésta corresponde a 500 pares de bases así que podemos usar este marcador de adn como referencia para medir el tamaño de las demás bandas por ejemplo en la muestra azul tenemos un montón de que tiene un tamaño aproximadamente mayor a 500 pares de bases y menor a 1.500 pares de bases mientras que la muestra verde tiene un tamaño aproximadamente mayor a 1.500 pares de bases así podemos hacer una aproximación y claro podemos elegir nuestra solución estandarizada de acuerdo a lo que pensamos que ocurrirá aquí que es lo que estamos buscando ahora otra cosa importante es que cuando vemos que el adn ha migrado hasta aquí podríamos preguntarnos ok y este será un solo fragmento de adn pero al analizar los tamaños podemos ver que no éstos son muchos adn y no están estirados porque recuerden que incluso algo que tiene 5000 pares de bases equivale únicamente a 1 ó 2 micrómetros cuando lo estiramos así que no podríamos verlo a simple vista eso es un milésimo de milímetro no podríamos verlo por eso es que estas son muchas muchas moléculas en que emigraron hasta aquí aunque no tienen que ser tan pequeñas para poder migrar a través del gel ahora tal vez me digan ok pero espera como puedo ver este adn sobre todo porque son moléculas sumamente pequeñas bueno la respuesta es que si añadimos algún tipo de pigmento al adn eso lo hará visible por ejemplo podría ser algo que le dé una propiedad fluorescente uno de los pigmentos más utilizados es el bromuro de eti -dijo- que es un agente intercalan té porque miren aquí tenemos dos esqueletos de adn y estos son los pares de bases pero esta es la molécula de pidió que se ha colocado entre todo lo demás por eso se dice que es intercalan t y en una molécula de adn eso es lo que la hace fluorescente cuando aplicamos luz ultravioleta entonces si insertamos bromuro de pidió en todas las muestras de adn cuando los fragmentos migran al aplicar luz sube brillan por la fluorescencia y así es como los podemos ver y bueno así es como se ve en la vida real aquí tenemos el pozo en el que pusimos la solución para el marcador de adn y estas son las medidas estándar que obtenemos tal vez aquí tenemos 5 mil pares de bases esta banda corresponde a 1500 pares de bases y esta corresponde a 500 pares de bases y luego supongamos que aquí pusimos una muestra con otro adn y después de un tiempo observamos que no llegó hasta 500 pares de bases pero es un poco más así que aquí tenemos algunos fragmentos con un tamaño un poco mayor a 500 pares de bases y mucho menor a 1500 pares de bases aunque bueno no solamente obtenemos un tamaño aquí podríamos tener otro grupo que tenga 1500 pares de bases y tal vez ya han visto esto antes cuando las personas realizan análisis genéticos leen una de estas pruebas realizadas mediante electroforesis en gel así que ya sabemos de qué se trata recuerden que esto no corresponde a un solo fragmento de adn sino que son varios fragmentos de adn junto con algún pigmento como el bromuro de estudio así que son muchas moléculas que emigraron gracias a la carga eléctrica porque se mueven de la carga negativa a la carga positiva y como éstas son un montón de moléculas pequeñas pudieron llegar más lejos porque pudieron pasar a través de la malla del gel de agarosa