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Formación del enlace peptídico

Transcripción del video

tenemos por aquí dos aminoácidos podemos ver los signos que nos indican que esto en efecto es un aminoácido tenemos por aquí un grupo amino que aporta la parte de camino en el nombre de aminoácido y tenemos un grupo car box y lo por acá que es la parte ácida del aminoácido y aquí en medio tenemos un carbono al que le llamamos el carbono alfa ok le llamamos a este el carbono alfa y el carbono alfa va a estar enlazado con un hidrógeno y con alguna cadena lateral a esta le llamamos la cadena r 1 y en este aminoácido le llamamos la cadena r 2 y en lo que nos vamos a enfocar en este vídeo es cómo podemos tomar dos aminoácidos y con ellos formar un péptido y solo como un recordatorio un péptido el vestido es simplemente una cadena de aminoácidos ok es una cadena de aminoácidos así es que cómo le hacemos para tomar dos aminoácidos y formar un péptido en este caso estamos formando un divertido que es una cadena de dos aminoácidos y los divertidos son los más pequeños de los péptidos pero después podemos seguir agregando por aquí otros aminoácidos y entonces obtendríamos un polipéptido y una forma muy general de observar esta reacción es decir que el nitrógeno usa este par de electrones libres para formar un enlace covalente con este carbono del grupo carbón y lo entonces este nitrógeno llega y forma un enlace con este carbono del grupo carbon hilo y luego este hidrógeno y este oxígeno y este otro hidrógeno se pueden utilizar para formar una molécula de agua que hay para formar una molécula de a que estos dos aminoácidos están dejando ir así es que en esta reacción terminamos con que el nitrógeno tiene un enlace covalente con este carbono y además liberamos una molécula de agua y justo porque estamos liberando esta molécula de agua al igual que como hemos visto en muchas otras reacciones justo como se está liberando esta molécula de agua decimos que es una reacción de condensación o una síntesis por deshidratación reacción de condensación o también conocida como síntesis por deshidratación y vimos justo este tipo de reacción cuando estábamos juntando glucosas cuando estábamos formando carbohidratos ok síntesis por deshidratación y bueno yo siempre que veo una reacción de estas me gusta poder contar las cosas y decir ok está todo muy bien esto se va a enlazar con esto podemos ver el enlace por aquí y voy a soltar esto y esto que en total es h2o una molécula de agua pero como podemos imaginarnos que sucede todo esto podemos empujar estos electrones así de esta forma porque no hacemos un poquito de química orgánica avanzada para ver qué es lo que está pasando en el fondo por aquí y eso es justo lo que vamos a hacer ahorita no vamos a llegar a ver un mecanismo de reacción formal pero sí vamos a tener una muy buena idea de qué es lo que está pasando empezamos por aquí el nitrógeno tiene este par de electrones libres el nitrógeno es muy negativo y por otro lado tenemos aquí este carbono que está enlazado con 2 oxígenos los oxígenos son más electro negativos que los carbonos así es que estos oxígenos están abrazando a todos estos electrones por lo que este nitrógeno tal vez quiera hacer algo que en química orgánica nos referimos como ataque el núcleo físico sobre este carbono de aquí y cuando hace eso si estuviéramos haciendo un mecanismo de reacción más formal tal vez en este momento diríamos que uno de estos enlaces del doble enlace los electrones de ese enlace van y se quedan con el oxígeno en el momento en que sucede esto y entonces el oxígeno tendría una carga negativa pero luego ese par de electrones libres puede regresar con el carbono y se vuelve a formar el enlace doble y mientras sucede eso este oxígeno de este grupo hidroxilo se va a quedar con estos electrones del enlace ok este oxígeno se va a quedar con estos electrones de este enlace y entonces ahora tiene un par de electrones libres extra ok vamos a borrar este enlace este oxígeno ya tenía dos pares de electrones libres pero como se quedó con los electrones de este enlace ahora tiene otro par de electrones libres y por lo tanto tiene una carga negativa y como te puedes imaginar va a llevarse algún protón de hidrógeno en algún momento y por supuesto que se puede llevar cualquier protón de hidrógeno de la solución pero el hidrógeno más conveniente es este de aquí porque como este nitrógeno va a usar este par de electrones libres para formar un enlace con este carbono entonces va a tener una carga positiva así es que seguramente se va a querer quedar con estos electrones de aquí por lo que fácilmente nos podemos imaginar a este oxígeno utilizando uno de sus pares de electrones libres para quedarse con el protón de hidrógeno de aquí y entonces el nitrógeno se puede con estos electrones del enlace bueno espero que no te haya parecido demasiado complicado todo lo que hicimos por aquí y a mí la verdad siempre me encanta pensar en qué es lo que está pasando por aquí podemos ver por aquí que este par de electrones libres del nitrógeno forma un enlace con este carbono forma este enlace naranja de aquí ya este tipo de enlace le llamamos enlace peptídicos enlace pep típico y también tenemos la liberación de una molécula de agua tenemos este oxígeno que es este oxígeno y nos podemos imaginar que este hidrógeno es este hidrógeno de aquí y este este de acá y entonces ya funciona muy bien todo y bueno la primera vez que vi a esta reacción me pareció que poco tenía mucho sentido que todo estaba perfecto excepto por el detalle de que si hablamos de niveles de ph fisiológicos los aminoácidos se ven más bien de esta forma en el rango de niveles fisiológicos de ph lo más probable es que nos encontremos a los aminoácidos de esta forma como 'twitter' iones y déjame escribo esa palabra por aquí suena como una palabra muy divertida sweater y es una sola palabra pero la voy a escribir con dos colores diferentes para identificar cada una de sus partes como podemos ver es un sweater jon y que es lo que eso significa bueno pues la parte de twitter en alemán significa híbrido así es que estamos hablando de un millón híbrido nuclear y es unión que tiene distintas cargas en los extremos de la molécula partes de la molécula tienen una carga pero cuando juntamos todas las cargas la molécula en total es neutra así es que en condiciones fisiológicas el grupo amino éste nitrógeno de aquí en un extremo del aminoácido el nitrógeno suele tener un protón extra y por lo tanto una carga positiva y por lado el grupo car box y lo suele perder uno de sus protones y tiene una carga negativa y bueno esto que tenemos aquí de hecho está en equilibrio con lo que teníamos antes pero a niveles fisiológicos de ph los aminoácidos suelen tomar esta forma de su interior y entonces ahora sí como le hacemos para pasar de esta forma a un enlace peptídicos bueno como nos podemos imaginar aquí este oxígeno acaba de quedarse con un par extra de electrones libres porque dejó que se fuera el protón de hidrógeno ok entonces el oxígeno tenía originalmente dos pares de electrones libres pero ahora tiene un par de electrones libres más que estamos dibujando de morado y bueno tal vez puede llegar y usar este par de electrones libres para quedarse con algún protón que esté flotando por la solución o tal vez sólo para que las cuentas salgan más fácil puede ser que este oxígeno choque de la forma con este hidrógeno de aquí se queda con este protón y permite que el nitrógeno se quede con estos electrones de aquí y si llegara a suceder esto entonces al menos este grupo car box y lo y este grupo amino regresarían a tener la forma que estábamos viendo hace unos cuantos minutos aquí este oxígeno tendría un hidrógeno y entonces formaría un grupo hidroxilo y si el nitrógeno recupera este par de electrones entonces va a ser otra vez nh 2 un grupo amino normal y por lo menos estas partes de las moléculas se van a ver como las teníamos por acá así es que nos podemos imaginar fácilmente como volvemos a obtener este enlace peptídicos obtenemos este enlace específico y ahora la única diferencia entre el péptido que obtenemos aquí y el anterior es que este péptido de aquí también es un sweater jon es un de péptido en su forma de su interior este grupo car box y lo de aquí se mantiene habiendo donado uno de sus protones y por acá este nitrógeno del grupo amino sigue teniendo un protón demás así es que seguimos teniendo una carga neta neutra a pesar de que tenemos cargas en ambos extremos en fin espero que te haya agradado este vídeo
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